1、所有備檢食品樣品在檢測前無需進行水洗，否則影響數據準確度。
2、農殘檢測儀農產品葉菜類：至少取不同株上的5片葉片疊加，剪成25px見方秤取2g，加10ml提取液。
3、顏色深葉菜類：對一些葉綠素較高的蔬菜，也可采取整株蔬菜浸提方法，減少色素干擾。
4、非菜葉類：取果實的表皮，至少4克。用刀從上而下沿表面，削取一片，為增加檢測代表性，從不同的3個果實上削取一片，剪成25px大小，稱取4g。
5、農殘檢測儀豆類：用刀切片，其中毛豆去殼后檢測，在浸泡中會有部分白色外皮浸出，檢測液需進過濾。
6、農殘檢測儀水果類：如葡萄、提子、楊梅，整顆提取，取1顆，加提取液10ml，震蕩提取5分鐘，中間將樣品用玻璃棒轉位置，使樣品各表面充分接觸提取液。提取后取2.5ml上清液，再按正常步驟檢測。
其中不乏有些特殊的樣品，如蔥，蒜，蘿卜，韭菜，芹菜，香菜，以及番茄汁液中含有對酶有影響的植物次生物質，容易產生假陽性，農殘檢測儀處理這類樣品的時候，可采取整株處理蔬菜浸泡或淋洗。
